单细胞测序中建库方法5’端和3’端应该怎么选择?
2026-05-21
单细胞转录组建库有5‘端和3’端建库两种方式。通常情况下,我们常用3’端进行建库捕获,3’端建库捕获通过poly(dT)序列与3’端的polyA结构互补配对,从而捕获RNA的3’端序列,适用于捕获末端具有PloyA结构的真核生物。VDJ区域是免疫系统中的重要组成部分,涉及T细胞和B细胞受体基因的重排,研究免疫细胞常用5‘端建库进行捕获,是因为VDJ区域位于RNA的5’端,采用5‘端捕获能更有效的富集到与免疫应答直接相关的可变序列。
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