单细胞表观多组学方案
SeekSpace® 空间转录组方案
单细胞转录组方案
SeekSpace® 【单细胞RNA+细胞位置】双维信息共检测
同一细胞，基因调控及位置信息的精准解析
对单个细胞内RNA和细胞位置信息同步检测，突破“真”单细胞精度的空间壁垒，精准解析空间异质性。
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技术简介
SeekSpace® 单细胞空间转录组技术通过空间芯片上可断裂的位置核酸序列标记组织切片上的每个细胞核，并将其制备成单细胞核悬液，然后通过SeekOne® DD油包水平台进行高通量单细胞核转录组和位置序列共检测，利用共享的细胞标签将单细胞表达信息与空间位置信息一一对应，打破了常规空间转录组无法实现单细胞精度的技术局限。
技术流程
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组织贴片
将切片贴至芯片捕获区域
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空间标签酶解释放
酶切位置标签实现位置标签的释放
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空间标签标记细胞核
位置标签向上释放并完成细胞核的位置标记
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核悬液制备
制备带有位置标签的单细胞核悬液
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油包水实现细胞核分离标记
将细胞核悬液分组添加样本标签，并混合上机油包水实现单细胞核的分离标记
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上机测序
将转录组文库和空间文库进行上机测序
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生信分析
数据表现
细胞数捕获高至6W+，RNA测160G左右，空间测40G左右
物种
样本类型
Number of Cells Under Tissue Coverage
Median Genes per Cell
Median UMI Counts per Cell
Fraction Reads in Cells
Total Genes Detected
Valide Barcodes
Sequencing Saturation
物种： 小鼠
样本类型： 脑
Number of Cells Under Tissue Coverage： 21046
Median Genes per Cell： 1503
Median UMI Counts per Cell： 2921
Fraction Reads in Cells： 59.86%
Total Genes Detected： 26563
Valide Barcodes： 81.76%
Sequencing Saturation： 36.03%
物种： 人
样本类型： 脑
Number of Cells Under Tissue Coverage： 14198
Median Genes per Cell： 1942
Median UMI Counts per Cell： 3808
Fraction Reads in Cells： 75.04%
Total Genes Detected： 32710
Valide Barcodes： 90.39%
Sequencing Saturation： 69.63%
物种： 人
样本类型： 胃癌
Number of Cells Under Tissue Coverage： 23179
Median Genes per Cell： 1213
Median UMI Counts per Cell： 1866
Fraction Reads in Cells： 68.40%
Total Genes Detected： 31659
Valide Barcodes： 91.47%
Sequencing Saturation： 61.19%
物种： 猪
样本类型： 卵巢
Number of Cells Under Tissue Coverage： 65794
Median Genes per Cell： 1063
Median UMI Counts per Cell： 1607
Fraction Reads in Cells： 69.80%
Total Genes Detected： 31147
Valide Barcodes： 89.96%
Sequencing Saturation： 34.90%
物种： 猪
样本类型： 肺
Number of Cells Under Tissue Coverage： 64510
Median Genes per Cell： 1311
Median UMI Counts per Cell： 2121
Fraction Reads in Cells： 67.87%
Total Genes Detected： 33956
Valide Barcodes： 93.79%
Sequencing Saturation： 39.6%
物种： 人
样本类型： 肺癌
Number of Cells Under Tissue Coverage： 33285
Median Genes per Cell： 1558
Median UMI Counts per Cell： 2550
Fraction Reads in Cells： 74.17%
Total Genes Detected： 34290
Valide Barcodes： 90.32%
Sequencing Saturation： 58.89%
物种： 人
样本类型： 肾上腺
Number of Cells Under Tissue Coverage： 32241
Median Genes per Cell： 1355
Median UMI Counts per Cell： 2199
Fraction Reads in Cells： 59.57%
Total Genes Detected： 32442
Valide Barcodes： 90.67%
Sequencing Saturation： 57.62%
物种： 人
样本类型： 脑瘤
Number of Cells Under Tissue Coverage： 64818
Median Genes per Cell： 1443
Median UMI Counts per Cell： 2227
Fraction Reads in Cells： 58.77%
Total Genes Detected： 32978
Valide Barcodes： 90.1%
Sequencing Saturation： 38.78%
物种： 人
样本类型： 乳腺癌
Number of Cells Under Tissue Coverage： 55124
Median Genes per Cell： 1217
Median UMI Counts per Cell： 1778
Fraction Reads in Cells： 88.37%
Total Genes Detected： 33809
Valide Barcodes： 91.45%
Sequencing Saturation： 24.92%
数据集
生信分析
SeekSpace® 单细胞空间转录组，同时配备寻因分析软件SeekSpace® Tools，通过可视化直观展示细胞类型（亚型/基因特征/自定义区域）的空间分布，从而对空间信息数据进行深入的探索和挖掘。
一站式解决方案 1天即可了解数据的初步结果！
发文展示
11.17
2025
通过 Stamp-seq 技术将单核基因条形码技术与空间转录组学相结合，以揭示非小细胞肺癌中增强免疫治疗反应的功能模块
发表期刊：Cell Discovery
12.5
10.14
2025
可编程的巨噬细胞极化纳米颗粒，用于磁共振成像引导下的肺转移瘤早期检测及治疗
发表期刊：Journal of Nanobiotechnology
12.6
08.14
2025
空间多组学整合分析揭示了 狼疮性肾炎中 VCAM1+ 近端肾小管细胞的调控机制
发表期刊：Annals of the Rheumatic Diseases
20.6
05.27
2025
单细胞和空间转录组学揭示慢性肉芽肿病在自然模型中的发病机制
发表期刊：Cell Reports
7.5
04.22
2025
利用SeekSpace技术解析胎儿肝脏造血过程的空间组织结构
发表期刊：Cell Regeneration
4.0
常见问题解答
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Q. 样本大小需要限制吗？
SeekSpace空间芯片包含2个捕获区，每个捕获区大小为5.5 mm*15 mm,组织大小建议在3mm*3mm~5.5mm*15mm范围内 -
Q. 是否可以做拼片？
可以拼片,只要组织大小不超过捕获区范围就可以,建议最多拼2个样本,拼片需要增加拼片费 -
Q. 前期质检包括哪些内容？
RNA完整性检测:RIN/RQN值≥7;H&E染色；细胞核量评估 -
Q. 怎么把空间位置和细胞信息对应起来？
水凝胶珠的 Truseq Read 1、DB、UMI、AS会与分组标签的 Linker、 SRB、dT 发生桥式连接,标签簇的结构是 SP2、Spatial Barcode和PolyA序列,PolyA序列与分组标签上的dT 反向互补,空间标签上就会加上用来标记细胞的DB+SRB,这样就能将空间标签和细胞标签对应起来。 -
Q. 空转的测序量是多少？
转录组文库测160G,空间文库测40G,一共测200G -
Q. SeekSpace是否需要额外再学习软件用于可视化及数据分析?
云平台助力空间数据分析及可视化,不需要特有的软件。针对数据质控,推出SeekSpaceTools来做空间数据质控,后续的数据也可以适配Seurat等第三方软件的数据分析
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