单细胞表观多组学方案
SeekSpace® 空间转录组方案
单细胞转录组方案
一胞多检【RNA+16S】
单胞赋能：宿主基因 + 细菌感染，一次检测全掌握
对单个细胞内转录组与细菌16S rRNA同步检测，突破宿主转录信息与细菌病原检测 “分步进行、数据割裂” 的瓶颈，实现了单胞水平感染过程中宿主-病原互作的动态追踪。
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技术简介
SeekOne® DD单细胞转录组+HS胞内菌测序基于微流控技术原理，利用Barcoded Beads实现单细胞的分离与标记，分别构建同一个样本的胞内菌16S rRNA文库和转录组文库。可同时捕获细胞的基因表达与胞内菌16S rRNA信息，获得不同细胞类型胞内菌的种类与组成差异，为进一步揭示细菌与细胞的互作研究提供了新手段。
数据表现
细胞数捕获1W左右，转录组测序100G左右，16S测序5G左右
Specles
Sample
Estmated Number Cells
Median Genes per Cell
Valid Barcodes
Sequencing Saturation
Fraction Reads in Cells
Specles： 人
Sample： 甲状腺癌
Estmated Number Cells： 11265
Median Genes per Cell： 1906
Valid Barcodes： 98.66%
Sequencing Saturation： 29.51%
Fraction Reads in Cells： 88.39%
Specles： 人
Sample： 甲状腺癌旁
Estmated Number Cells： 11230
Median Genes per Cell： 2531
Valid Barcodes： 98.52%
Sequencing Saturation： 36.65%
Fraction Reads in Cells： 87.92%
Specles： 人
Sample： 肠炎
Estmated Number Cells： 11211
Median Genes per Cell： 2219
Valid Barcodes： 96.86%
Sequencing Saturation： 21.76%
Fraction Reads in Cells： 84.00%
Specles： 人
Sample： 肠癌
Estmated Number Cells： 13755
Median Genes per Cell： 1888
Valid Barcodes： 96.67%
Sequencing Saturation： 35.18%
Fraction Reads in Cells： 80.84%
Specles： 人
Sample： 肠癌旁
Estmated Number Cells： 10257
Median Genes per Cell： 1662
Valid Barcodes： 97.72%
Sequencing Saturation： 39.96%
Fraction Reads in Cells： 65.00%
Specles
Sample
Number of Positive Cells
Valid Barcodes
Total UMIs Detected
TOP Bacteria
Ratio
Specles：人
Specles：甲状腺癌
Specles：1427
Specles：97.53%
Specles：1923
Specles：葡萄球菌属、痤疮杆菌属、棒状杆菌属
Specles：~50%
Specles：人
Specles：甲状腺癌旁
Specles：1915
Specles：96.86%
Specles：2687
Specles：痤疮杆菌属、葡萄球菌属、棒状杆菌属
Specles：~50%
Specles：人
Specles：肠炎
Specles：6140
Specles：98.24%
Specles：15512
Specles：志贺氏菌属、小杆菌属、韦荣氏菌属
Specles：~80%
Specles：人
Specles：肠癌
Specles：5749
Specles：96.83%
Specles：9589
Specles：副球菌属、痤疮丙酸杆菌属、不动杆菌属
Specles：~30%
Specles：人
Specles：肠癌旁
Specles：2143
Specles：97.14%
Specles：2848
Specles：痤疮杆菌属、棒状杆菌属、草绿菌属
Specles：~50%
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