技术简介
SeekOne® DD FFPE样本单细胞转录组针对 FFPE 样本“交联&降解”的特性提出了“两步解交联+两步逆转录”的实验策略,为 FFPE 样本开展单细胞转录组测序提供适配解决方案。
技术简介
优势亮点
采用优化的预解交联方案
保持核完整性的情况下
有效的提高基因检出数
采用体外逆转录的方案
使用随机和oligo-dT混合引物在细胞核内原位逆转录
有效提高基因检出数。
二次解交联后进行二次RT
进一步提升模版转换效率
物种和样本类型
实验涉及物种
实验涉及物种  3+
实验涉及组织类型
实验涉及组织类型  50+
实验涉及样本
实验涉及样本  1500+
样本类型
查看更多
技术流程

FFPE样本提核及预处理

体外第一步逆转录

油包水连接及标记

解交联及二次逆转录

文库构建及测序

数据分析和可视化

查看更多
技术应用
1
利用FFPE样本记录的详尽的诊疗及随访数据,探究个体化治疗差异的原因
更多详情 +
2
利用FFPE样本记录的详尽的诊疗及随访数据,探究个体化治疗差异的原因
更多详情 +
3
利用已有的FFPE样本,通过单细胞转录组为罕见疑难疾病的发病机制、治疗、患者生存改善提供理论基础
更多详情 +
数据表现
细胞数捕获1W左右,测序120G左右
物种
组织类型
Estimated number of cells
Median genes per cell
Sequencing Saturation
Total Genes Detected
物种:
组织类型: 肠癌
Estimated number of cells: 11,556
Median genes per cell: 1,021
Sequencing Saturation: 64.25%
Total Genes Detected: 32,304
物种:
组织类型: 肾癌
Estimated number of cells: 9,108
Median genes per cell: 1,269
Sequencing Saturation: 61.87%
Total Genes Detected: 33,146
物种:
组织类型: 前列腺癌
Estimated number of cells: 11,983
Median genes per cell: 962
Sequencing Saturation: 54.03%
Total Genes Detected: 30,024
查看更多
数据集
样本来源:肺癌脑转移石蜡样本
产品方案:SeekOne® DD FFPE样本单细胞转录组
物种:人
组织类型:肺癌脑转移
样本保存:FFPE
上机细胞数:20,000
测序数据量:30G